Nixie-Röhren können von einem speziellen Problem betroffen sein, welches als Kathodenvergiftung bezeichnet wird. Im Idealfall sollten alle Ziffern (Kathoden) in einer Nixie-Röhre regelmäßig verwendet werden. Das ist bei einer Nixie-Uhr jedoch nicht der Fall. Nur gerade Röhren (an den jeweiligen Einer-Positionen) arbeiten in diesem optimalen Modus. Die ungerade Röhren verwenden dagegen nur einige Ziffern. Zum Beispiel verwendet die ganz linke Röhre die Ziffern 0,1,2 zur Anzeige der Zehner-Stunden-Position. Die dritte Röhre (Zehner-Minuten-Position) verwendet die Ziffern 0,1,2,3,4,5. Wenn eine bestimmte Ziffer über einen längeren Zeitraum nicht verwendet wird (z. B. Ziffer 8 in der Röhre ganz links), wird diese Ziffer von einer Metallschicht bedeckt, die von den anderen aktivierten Ziffern freigesetzt wird. Die betreffende Ziffer wird schließlich Unregelmäßigkeiten in der Glimmhaut im Bereich der Kathoden aufweisen. Dieser Effekt fällt dann auf, wenn die Uhr etwas anderes als die Uhrzeit darstellt (z.B Datum oder benutzerdefinierte Daten).
Unregelmäßigkeiten in der Leuchterscheinung können durch regelmäßiges aktivieren aller Ziffern in einer Röhre vermieden werden. Schon wenige Minuten pro Tag reichen aus, um die Röhren voll funktionsfähig zu halten. Zu diesem Zweck existiert der Modus Regenerierung, der regelmäßig aktiviert wird und das gleichmäßige Leuchtbild der Kathoden in den Nixie-Röhren gewährleistet.
Sollte eine oder mehrere der Röhren Unregelmäßigkeiten aufweisen, können Sie versuchen, diese zu regenerieren.